10月30日，商务部公布了《2016年化肥进口关税配额总量、分配原则及相关程序》，文件明确，2016年化肥进口关税配额总量为1365万吨。其中，尿素330万吨，磷酸二铵690万吨，复合肥345万吨。凡在工商行政管理部门登记注册的企业，在其经营范围内均可申请化肥进口关税配额。

2016年化肥国营贸易配额数量分别为：尿素297万吨，磷酸二铵352万吨，复合肥176万吨。国营贸易企业中国中化集团公司、中国农业生产资料集团公司在国营贸易总量内申请配额。2016年化肥非国营贸易配额数量分别为：尿素33万吨，磷酸二铵338万吨，复合肥169万吨。经备案的非国营贸易企业在非国营贸易总量内申请配额。其他企业根据实际进口需要选择申请国营贸易配额或非国营贸易配额，由国营贸易企业或非国营贸易企业代理进口。

2016年起始数量以2015年起始数量为基础，并按以下情况进行调整：2015年核销率在80%以上的企业上调40%；核销率在50%~79%的企业上调20%；核销率在25%~49%的维持不变；核销率在25%以下的，扣减50%。新申请企业起始关税配额2000吨。2016年关税配额起始申领量最高不超过50万吨，最低不低于2000吨。企业申领化肥进口关税配额实行先来先领，直至化肥进口关税配额总量申领完毕。