目前，农业部门在肥料监管方面的执法依据只有《肥料登记管理办法》(以下称为办法)，存在几点问题。一是属于部门规章，法律效力不高;二是条款不健全。如《办法》对假劣肥料的定义没有明确界定;三是实行登记的肥料产品范围较少。《办法》仅要求对40%及以下含量的复合肥料、复混肥、配方肥、微生物肥料、有机肥料和床土调酸剂等实行登记许可制度，而硫酸胺，钙镁磷肥、氯化钾及高浓度复合肥等不在需要登记范围，肥料市场监管难度大;四是对于违规被查处的肥料产品进行如何处理没有明确规定。

全国人大代表、国投钦州发电有限公司总经理、党委书记朱逢民在制定《中华人民共和国肥料管理条例》的建议中指出，化肥市场品种多、数量大、流动性强，监管难度大、范围广，不规范经营时有发生，有待进一步加强管理。一是化肥市场秩序混乱，许多无证无照商贩参与化肥生产、经营，使化肥市场经营存在较大隐患;二是假冒伪劣化肥充斥市场;三是化肥市场品种多数量大。我国除国产化肥外，还有大量的进口化肥，化肥市场品种繁多，鱼龙混杂，质量价格参差不齐等，监管难度大;四是部分肥料含有害有毒物质。一些肥料中含有重金属等有害有毒物质，直接施用于农田，势必危害耕地质量，从而影响农产品的质量和安全。因此需要修订和完善肥料监管方面的法律法规，进一步规范肥料市场经济秩序，确保肥料生产、经营和使用依法依规进行。

全国人大大表、盐城市耕地质量保护站站长秦光蔚前两年一直努力在推动肥料立法，去年他的提案已经得到农业部回复，称国务院政策研究室正在推动立法。“全年我提肥料法，已经得到很好的答复，2016年就没再提。如果2016年肥料法没有出台，2017年我要联合其他代表共同提出议案。”秦光蔚高兴地说：“我觉得我们代表特别的热心，不论是哪个行业，包括政府部门领导。只要我们去找他们签字，他们都特别关心农业，关心农技发展。他们会特别认真地看，看后还跟我们一起呼吁。我们代表是人名选出来的代表，是高度负责的，对人民负责的。”

随着我国农业生产的发展，人们对农产品质量安全要求的不断提高，2015年新修订的《食品安全法》颁布实施后，农业部部长韩长赋称《农产品质量安全法》的修订工作已经列上日程，为了保证这两部法律的有效实施，对肥料质量安全的要求也在不断提高，肥料立法可期。