正在全球蓬勃发展的生物燃料再次受到科学界的抨击。
　　
　　由大自然保护协会（TNC）牵头编写的《生命地图》在开篇中就将矛头指向生物燃料。
　　
　　在谈到人类活动对自然物种种群的压力问题时，该书作者之一、斯坦福大学保护生物学中心主任保罗·欧利希（Paul R.Ehrlich）称：“最首要的是对生物燃料产品需求的增加。”
　　
　　保罗·欧利希说：“虽然生物燃料被认为是一种可再生能源，能替代产量逐渐减少的石油产品，但它们并不是‘绿色’的。”
　　
　　他解释说，人们往往过高估计了生物燃料的净能量输出和对于减少大气中二氧化碳排放量的贡献。“在一些情况下，它们（生物燃料）实际的二氧化碳排放量会高于那些石油产品使用产生的排放量。”
　　
　　作为一名生物学家，保罗·欧利希认为，“生物燃料正在成为物种灭绝的一个主要因子”，因为它们的生产将加剧对自然栖息地的破坏，包括东南亚低地森林（油椰子的栖息地）到亚马逊河流域（豆油（资讯，行情）生产用于生物柴油的制造，甘蔗种植用于乙醇的生产）。
　　
　　“栖息地丧失是物种灭绝的首要原因。”环境健康科学首席科学家约翰·彼得森·梅耶（John Peterson Myers）说。
　　
　　据《生命地图》预测，在21世纪某个时段，栖息地不断丧失会导致地球上一半的物种灭绝。
　　
　　对于近年来迅猛发展的生物燃料产业，此前有环保界人士警告说，鼓励生物燃料可能促使农民放弃粮食作物或者焚毁和清理森林，以种植可以转变为燃料的作物。此举将导致世界贫困人口更加缺乏粮食，而实际上增加了二氧化碳排放。
　　
　　国际粮食政策研究所研究员Siwa Msangi建议有关机构，“要有强有力的国际性政策，来阻止造成穷国粮食危机的生物燃料的发展。”
　　
　　科学与发展网络（SciDev.Net）负责人David Dickson表示，虽然生物燃料的发展大有希望，但是鉴于其潜在可能出现的严重后果，人们需要更加小心谨慎地从事这一发展计划。
　　
　　但近年来，生物燃料发展已成规模，不管是发达国家还是发展中国家，对于生物燃料的发展均制定了雄心勃勃的计划。
　　
　　欧盟此前曾计划，到2020年，10%的交通运输燃料必须来自于可再生燃料，这其中要有70%来自于生物燃料。
　　
　　美国弗若斯特沙利文（Frost & Sullivan）公司近期发表的研究报告称，欧洲生物燃料产业的发展目前已进入成熟阶段，在2020年前，市场一直将保持活力。据介绍，2009年欧洲生物柴油和生物乙醇消耗量各为710万吨和700万吨，而2020年有望达到2270万吨和1800万吨，分别增长220%和157%。
　　
　　中国工程院《中国能源中长期（2030-2050）发展战略研究》课题组研究结果表明，我国石油缺口日益增大，从能源安全的角度考虑，将进口依存度控制在60%时，2020年需替代石油2000万吨，2030年替代量为7000万吨，目前只有生物质能源是最佳的替代选择。
　　
　　根据国家发改委2006年公布的《生物燃料乙醇及车用乙醇汽油“十一五”发展专项规划》，中国政府的目标是在2010年生产600万吨生物液态燃料，其中燃料乙醇500万吨，生物柴油100万吨；到2020年，生产2000万吨生物液态燃料，其中燃料乙醇1500万吨，生物柴油500万吨。